Mit dem IBK-Kleinprojektefonds, der 2010 mit einer Pilotphase startete, fördert die IBK grenzüberschreitende Begegnungsprojekte von Einzelpersonen, Gruppen, Vereinen, Gemeinden, Schulen und ähnlichen Einrichtungen der Zivilgesellschaft mit bis zu 2.500 Euro, um den interkulturellen Austausch zu stärken. 2015 wurde der IBK-Kleinprojektefonds um eine zweite Förderschiene von Interreg-Kleinprojekten erweitert, die eine Förderung bis zu 25.000 Euro erhalten können und auf dauerhafte Kooperationen mit langfristigen Wirkungen abzielen. Die Koordination des Fonds liegt bei der IBK-Geschäftsstelle. Der Kleinprojektefonds 2021 bis 2027 befindet sich derzeit in der Neukonzeption.